基本的には、プロトコールの時間を守っておやりの施設が多いとは思いますが、時間の許容範囲が詳細に検討されていて、どの工程でどのくらい時間を過ぎたら問題がある、というような情報は無いと思います。
ですので、まずは感覚的に許容できる時間を自分達で設定して、その条件で運用した結果、自施設の成績に問題が生じなければOKというスタンスで、少しずつプロトコールの改良を進めるのが妥当だと思っています。
ちなみに、個人的な感覚ですので参考程度にしてもらえればと思いますが、例えばDSの3分間が4分間になったところで、それほどの影響はないのではないかと考えています。というか、それよりも胚のキャラクターのほうが差異が大きいと思ってます。
また、このトピックの主題とは関係ないですが、DSはSucrose濃度が0.5Mだと思います。この濃度は細胞を結構収縮させる浸透圧です。そのため、クライオトップのプロトコールでは、DSをWS1（Sucroseが0M）に持ち込むよう指示がありますが、DSとWS1の間には中間の浸透圧があってもいいんじゃないかと思っています。