もしもお写真があれば、見せて頂けるとイメージ沸いて有難いです。（ES処理中ということですから、無いですかね。）
それは、”たんこぶ”のような感じでしょうか？
今回の例は卵子で囲卵腔内が見えていると思うので、フラグメンテーションということでは無いですよね？
採卵後5-6時間というのは、特に時間的には問題ないかと思います。
私は経験無いので何とも言えませんが、過去には融解時に細胞外周にボコボコと飛び出てくることがあるというご質問を頂いたことはあります。ただ、このケースでは融解している間にもとに戻るということでした。
想像ですが、いずれの場合も細胞膜の固いところと柔らかいところがあるイメージですから、細胞膜の何らかの異常の可能性が高いように思いました。
緊急時の卵子凍結ということで、貴クリニックにおいて高確率で起こる現象か、今回たまたまだったのかは分からないと思いますので、原因を特定するのは難しそうですね。