こんにちは。
蒸発量による培養液組成の問題をおっしゃっていると思うので、ディッシュ外側の液量あたりの表面積が変わらなければ、結果は同じように思いました。（全体形状が同じディッシュなら、半分に仕切られていれば、液量を半分にしても組成変化は同じ。）
その2重ディッシュをどのように使用しているかによると思いますが、採卵後の卵子洗浄等に使用しているなら、外側の液量が半分になったぶん、卵周囲の液が培養液に置換される割合が減るので（要は洗浄効果が落ちる）、そういった影響は考えるべきだと思います。
いかがでしょうか？
