培養液の専門家の方からご返事頂いました。
通常、胚培養液には25 mMのNaHCO3（0.21 g/100 mL）を加えていますので、1.26％というのは、計算上培養液と同じpHにはならないとのことです。
pH = 6.1 + log10(150/(0.03*760*0.06)) = 8.1
なので、1.26％の炭酸水素Naなら6％のCO2環境下では理論上pH＝8.1になるとのことです。
ただ、8.1ならアルカリ性に傾いているので、フェノールレッドの色は赤紫系になるはずですし、オレンジというのは酸性側に傾いている気がするので、よく分かりませんね？
もしかして、買われていた溶液って、水にフェノールレッド入れていただけってことないですかねえ？
（↑試したら、水にフェノールレッド入れた時点で黄色くなってしまいました。）
通常の培養液と同じくらいの炭酸水素Na（0.21 g/100 mL）で、ちょっと試してみますので、 またご報告します。